>Ist Lizenzrechtlich eine Behörde mit einem gewerblichen Unternehmen zu vergleichen?Grundsätzlich ja. Wobei gerade freie Software in der Regel ja keinen (bzw. kaum) Unterschied macht ob gewerblich oder nicht.
Interessant wird das nur wenn man gewisse Verpflichtungen nicht nachkommen will, dann gibt es teilweise Software, von der es zusätzlich kommerzielle Lizenzen gibt, die einen von diesen Pflichten entbindet. Und da gibt es mit etwas Glück Rabatte für Öffentliche Einrichtungen.
Tron:
>Es gibt aber mehr freie Lizenzen als die GPL, z.B. die BSD- oder Apache-Lizenz. Hier
>gibt es möglicherweise andere Freiheiten (z.B. könnte die gewerbliche Nutzung untersagt
>werden).
Wenn die gewerbliche Nutzung untersagt ist, ist es aber keine Freie Software-Lizenz mehr. Klick dich bei deinem Link einfach mal ein bisschen weiter. 
Slidy:
>Weiteres: Wenn man in GPL-Code kommerziell nutzt, muss man die entsprechenden Teile und
>was man davon ableitet, jedem im Quelltext zur Verfügung stellen.
Kommerziell nutzen ist bei der GPL soweit ich weiss nichtmal relevant. Das Veröffentlichen ist das wichtige und da gelten die Regeln für kommerziell und privat fast¹ gleichermaßen.
1) gibt da eine ausnahme für nichtkommerzielle unter gewissen Bedingungen
>Es heißt allerdings nicht, dass das gesamte Programm unter die GPL muss
Doch, eigentlich schon. Die GPL ist eine viral license. Bei der LGPL sieht aber anders aus.
>Wenn du das nicht willst, such Programmteile unter BSD-Lizenz.
Generell kann man das noch auf MIT, X11 und Apache-Lizenz ausdehnen.
>(Kurze Zusammenfassung, habe nun auch nicht jedes Wort der GPL/BSDL gelesen)
Ich schon, aber das hilft auch nicht zwangsläufig. 
Vorallem aber gilt sowieso IANAL, TINLA und co..
Lange Rede, kurzer Sinn: Kann man alles nicht so pauschal sagen. Kommt vorallem auf die Lizenz an, aber auch auf das was damit gemacht wird. Und im Zweifel sollte man sich eh nur auf eine Rechtsberatung verlassen.
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